O direito a autonomia sexual e reprodutiva implica em decidir livremente se ter ou não filhos, quando e quantos. Implica também em viver a sexualidade sem violência, nem coerção.
Esse programa tem por objetivo defender e efetivar esses direitos e se desenvolve em diferentes frentes: ações de Advocacy junto à sociedade e ao Estado, incluindo amicus curiae junto ao Supremo Tribunal Federal; capacitação e sensibilização de diferentes públicos, em especial profissionais de saúde; pesquisas sobre acesso à contracepção e avaliação de serviços de saúde; campanhas sobre direitos sexuais e reprodutivos.
Com esse programa a CEPIA tem estabelecido parcerias e articulações com a ONU Mulheres e o Fundo das Nações Unidas sobre População e Desenvolvimento, com associações médicas, com redes nacionais e internacionais. A CEPIA integra também o Comitê de Mortalidade Materna do Rio de Janeiro.